古来山岳仏教が栄えていたこの地に金峰山を拠点とする修験者集団の勢力や宗教的影響が及びました。「神童寺縁起」によると、 この寺は聖徳太子の創建で本尊の蔵王権現像は役行者（えんのぎょうじゃ）がこの山で修行した時二人の神童の助力を得て刻んだと伝えられています。その後、像は焼失、現在の本尊は室町時代作のものです。 大和の吉野山に対して北吉野山と号し、一時は付近の山一帯に二十六坊のお堂が存在したことが所蔵の絵図から伺えますが全山焼失し、現在の本堂は応永13年（1406年）に再建されました。